Основными задачами ССЦ являются:

1. Организация и осуществление научно-исследовательской и научно-практической работы в области сельскго хозяйства для создания и внедрения в агропромышленный комплекс современных технологий, в том числе на основе собственных разработок.
2. Поиск, сохранение и вовлечение в селекционный процесс генетических источников, обеспечивающих получение сортов и гибридов с заданными признаками по соответствующей культуре.
3. Создание сортов и гибридов нового поколения разных сроков созревания, сочетающих высокую продуктивность и качественные показатели с комплексной устойчивостью к биотическим и абиотическим стрессам, удовлетворяющих по хозяйственно-ценным признакам требованиям сельскохозяйственных производителей, потребительского рынка и экологической безопасности.
4. Создание и развитие конкурентоспособного фонда оригинального семенного материала отечественных сортов и гибридов сельскохозяйственных культур, входящих в область деятельности ССЦ.
5. Поддержание коллекции селекционного материала.
6. Участие в товарном семеноводстве и доведении до кондиций товарных партий семян.
7. Разработка новых сортовых технологий, продвигающих селекционные новинки на рынок.
8. Создание, пополнение и администрирование единой интегрированной базы данных, включающей в себя блоки данных по генетике, селекции, семеноводству, средствам диагностики и защиты растений, технологиям хранения на основе научных публикаций, патентных баз данных, результатов исследования семенного материала первичных ступеней размножения в процессе оригинального семеноводства сортов и гибридов растений.
9. Подготовка кадров в области генетики, селекции и семеноводства сельскохозяйственных культур, в том числе в рамках повышения квалификации специалистов агропромышленного комплекса.